Субпикосекундная динамика дипольного момента молекулярных полиаланинов

На субпикосекундной шкале времени вычислены мгновенные значения дипольного момента олигопептидов аланина в вакууме и в водном растворе с целью оценки влияния внешних воздействий: температуры, а также амплитуды и ориентации вектора напряженности внешнего электростатического поля. Компьютерное моделирование осуществляли методом молекулярной динамики. Динамические сценарии при воздействии внешнего электростатического поля свыше 100 МВ/м были получены для олигопептидов аланина различной длины (от 2 до 24 групп), находящихся в водной среде и вакууме, с временным шагом 1 фс и временем моделирования до 100 нс. Вычисленные сценарии можно использовать для дальнейшего анализа и обобщенного описания структурных свойств и конформационной динамики молекул. Освоенный программный компьютерный комплекс пригоден для вычисления представительных молекулярных сценариев, включая поведение различных по структуре пептидов и белков в вакууме, растворах, а также под воздействием электрического поля при различных температурах.

Ссылка при цитировании: Зезина Т.И., Цыбин О.Ю. Субпикосекундная динамика дипольного момента молекулярных полиаланинов // Научно-технические ведомости СПбГПУ. Физико-математические науки. 2017. Т. 10. № 3. С. 100–110. DOI: 10.18721/JPM.10408